Trường Đại học Y Hà Nội (Tiền thân của trường Y khoa Hà Nội là École de Médecine de l’Indochine (Trường Y khoa Đông Dương)) là trường đại học y khoa hàng đầu và lâu đời nhất của Việt Nam còn hoạt động. Trường đã được trao tặng Huân chương Sao Vàng nhân dịp kỷ niệm 105 năm ngày thành lập trường vào ngày 14 tháng 11 năm 2007, là một trong 15 trường đại học trọng điểm quốc gia Và cũng là một trong bảy trường y khoa đầu ngành tại miền Bắc Việt Nam.
Tiền thân của trường là Ecole de Médecine de l’Indochine (Trường Y khoa Đông Dương) do Pháp thành lập năm 1902. Trường đặt tại Hà Nội, do người Pháp thành lập năm 1902. Hiệu trưởng đầu tiên của trường là Alexandre Yersin. Cùng với các trường chuyên ngành đã được thành lập cùng thời kỳ đó, như Trường Dạy nghề Hà Nội (Ecole Professionnelle de Hanoi) do Phòng Thương mại Hà Nội lập ra vào năm 1898, Trường Hậu bổ Hà Nội (Ecole d’Administration de Hanoi) năm 1897, Trường Công chính (Ecole des Travaux Publics) năm 1902, đây là một trong những trường đào tạo theo lối giáo dục phương Tây đầu tiên ở Việt Nam.
Năm 1906, Toàn quyền Đông Dương Paul Beau thành lập Viện Đại học Đông Dương, Trường Y khoa Đông Dương trở thành một trường thành viên của Viện Đại học Đông Dương và vẫn tiếp tục đào tạo sau khi viện đại học này tạm ngừng hoạt động từ năm 1908.
Năm 1913, Toàn quyền Albert Sarraut ký nghị định thành lập Trường Y khoa và Dược khoa Đông Dương trên cơ sở Trường Y khoa cũ.
Cho tới năm 1914, trường đã đào tạo được 237 y sĩ, y tá và nữ hộ sinh.
Trường Y khoa từng đặt tại đường Lê Thánh Tông, và đằng sau trường là bệnh viện thực nghiệm nay mang tên Bệnh viện 108. Năm 1945, Trường đổi tên thành Trường Đại học Y Việt Nam.
Năm 1954, hòa cùng với đoàn người chiến thắng, Trường Đại học Y kháng chiến trở về Hà Nội, cùng với các bác sĩ nội thành tiếp tục xây dựng Trường Đại học Y Dược Hà Nội trong giai đoạn mới, giai đoạn xây dựng miền Bắc xã hội chủ nghĩa. Sau 8 năm kháng chiến chống Pháp, nền y tế và y học Việt Nam có một khoảng cách khá xa với thế giới. Thầy trò Nhà trường đã phấn đấu rút ngắn khoảng cách này. Những phát triển của các chuyên ngành tim mạch, sốt rét, cắt gan… gắn liền với các tên tuổi Giáo sư Tôn Thất Tùng, Giáo sư Đặng Văn Ngữ, Giáo sư Đặng Văn Chung… nên Y học thế giới bắt đầu biết đến nền Y học non trẻ của Việt Nam. Năm 1961, Trường Đại học Dược Hà Nội tách ra và lấy khuôn viên này, Trường Đại học Y Hà Nội chuyển đến số 1 đường Tôn Thất Tùng và ở đó cho đến nay, cạnh Bệnh viện Bạch Mai. Hiện tại, nó cũng có cơ quan nằm trong Bệnh viện Việt Đức. Năm 1965, khi không lực Hoa Kỳ oanh tạc miền Bắc, mở rộng cuộc chiến tranh xâm lược trên toàn bộ lãnh thổ nước ta, cùng với cả nước chi viện cho miền Nam, thầy trò Trường Y lại lên đường, có mắt trên mọi miền đất nước, từ Bắc chí Nam, từ hải đảo cho tới miền núi cao, từ các chiến trường miền Nam cho đến chiến trường Lào. Nhiều người đã nằm lại chiến trường như Giáo sư Đặng Văn Ngữ, bác sĩ Phạm Ngọc Thạch … Để đảm bảo đào tạo, một lần nữa Nhà trường lại sơ tán lên núi rừng Thái Nguyên, sinh viên từ năm thứ nhất và năm thứ hai học khoa học cơ bản và y học cơ sở tại đây, sau đó về Hà Nội và các tỉnh đồng bằng sông Hồng thực tập lâm sàng.